فلاونوئيدها دسته ای ازمتابولیت های ثانویه پلي آروماتيکی هستند که توسط مسیر فنیل پروپانوئیدی در گیاهان سنتز می شوند و شامل کالکون ها، فلاوون ها، فلاونول ها، آنتوسیانین ها، پروآنتوسیانین ها و آئورن ها می باشند. این ترکیبات در ارتباطات ريزوسفريك گياه ـ ميكروب و گياه ـ گياه ( مشخص ترین آن سيگنال شروع همزيستي ريزوبيوم ـ لگوم است)، سيگنال هايي در ايجاد همزيستي ميكوريزي آربوسكولار و اکتینوریزال ،برهمكنش هاي آللوپاتي، حفاظت در مقابل UV ،تولید مثل جنسی،رنگ دهی گل ها و دفاع نقش دارند. فلاونوئیدها در سه نوع اصلی درون همزیستی شامل: میکوریزای آربوسکولار قارچی، لگوم-ریزوبیوم و فرانکیا نقش دارند. نقش فلاونوئیدها در همزیستی لگوم-ریزوبیوم عبارت است از: جاذب شیمیایی ریزوبیوم ،تنظیم بیان ژن های nod و نمو گرهک. فلاونوئيدها ممكن است در 3 مرحله ي متمايز تشكيل گرهك شامل: القاء كننده ژن nod در ريزوسفر، القاء کننده بيوسنتز فاكتور Nod در طناب آلودگي و تنظيم کننده انتقال اكسين که شروع تقسيم سلولی پريموردياي گرهك را بدنبال دارد نقش داشته باشند. در مورد همزیستی اکتینوریزال سیگنال های فرانکیا ناشناخته است اما این سیگنال سلول های تارکشنده را پیچیده و شاخه دار می کند، وزن مولکولی کمتر از kD 3داشته و نسبت به گرما پایدار است (شبیه به فاکتور Nod ریزوبیوم)، همچنین آب دوست بوده و نسبت به کیتیناز مقاوم است (برخلاف فاکتور Nod ریزوبیوم). فلاونوئیدها در همزیستی فرانکیا در سیگنالینگ و عمل گرهک نقش دارند. فلاونوئیدها اثرات مثبتی بر روی رشد هیف ها، تشکیل اسپورهای ثانویه، جوانه زنی اسپور و توسعه كلنيزاسيون در همزیستی میکوریز آربوسکولار دارند. دسته دیگری از ترکیبات فنولی فنوليك اسيدها هستند که این ترکیبات در پاسخ هاي دفاعي گياهان به حمله ي ميكروبي نقش داشته ومنبع كربن برای ميكرو ارگانيسم ها (منابع كربني جايگزين براي برخي دي آزوتروف ها در شرايط محيطي محدود شده، منبع كربن برای گونه‌ها ي ريزوبيومي)، به عنوان پيش ماده براي توليد ليپيدهاي فنولي بوده و همچنین در دفاع ريزوبيومي و مورفوژنز گرهك نقش دارد. مشخص شده است بین فلاونوئیدها و هورمون اکسین برهمکنش هایی در جهت تشکیل گرهک وجود دارد. خاموش سازی مسیر فلاونوئیدی در یونجه بنفش تلقیح شده با سینوریزوبیوم ملی لوتی توسط واسون وهمکارانش (2006) با استفاده از RNA خاموش کننده برای خاموش سازی سنتز کالکون سنتاز نشان داد که: